Suite à l'explosion de 1569, la mosquée fut restaurée à plusieurs reprises. , Elle fut rebaptisée au XVIe siècle sous le nom de mosquée aux Pommes d'or car, selon une légende, les boules qui coiffent le lanterneau de son minaret auraient été fabriquées, comme celles de la Koutoubia, avec 1es bijoux de l'épouse de Yacoub el-Mansour.

Longue de 80 m, sa façade crénelée aux murs immaculés abrite du regard une salle de prière composée de onze nefs. Son minaret, décoré d'entrelacs en losanges et d'une frise de faïences vertes, surmonté de tuiles multicolores, fut durant des siècles un modèle d'architecture classique.